玉米秸稈預處理成無土栽培基質，主要以粉碎的玉米秸稈為發酵原料，以南京農業大學培養的高溫放線菌、中溫放線菌為菌源，經過高溫發酵殺菌、中溫發酵和自然后熟發酵3個階段完成發酵全過程。
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1、粉碎玉米秸稈：粉碎玉米秸稈，將風干的玉米秸稈均勻平鋪在場地上（厚20~25 cm），粉碎后的秸稈粒徑為3~10 cm。
2、調節碳氮比：每一千千克干秸稈分層、均勻添加尿素1.4 kg，使用翻堆機將物料上下充分翻勻，調節碳氮比，使其達20~25∶1。
3、添加菌劑：每一千千克干秸稈分層、均勻添加微生物腐熟菌劑一千克，使用翻堆機上下充分翻勻，加快發酵進程，提高發酵質量。
4、調節濕度：用微噴灌系統或自來水設備定量給物料補水，使其含水量達 60%~65%（手握成團，指縫有水滲出而不滴），充分混合均勻。
5、建堆：人工或使用裝載機將物料堆置成高1.2 m、底寬3 m、頂寬2 m、長度不限的臺形堆（即切面為梯形），各個堆面整理平整。
6、覆膜：為了使料堆快速升溫并防止水分散失，料堆表面需覆蓋1層普通棚膜，將薄膜四周固定好，防止風刮起薄膜，料堆底部薄膜不可壓實，防止聚集多余水分。
7、翻堆：為保證料堆中好氧微生物所需的氧氣，建堆后4~5 d、料堆溫度達60 ℃時，用翻堆機或裝載機翻堆1次，以后每7 d翻1次。翻堆時，將堆體表面與中心部分混翻均勻，保證堆體內外層均達到腐熟標準。
8、發酵結束：當距離料堆頂端30 cm 處溫度接近環境溫度，物料顏色變褐、有輕微草香味時表明發酵完成。整個發酵過程需32~34 d。
9、粉碎后的玉米秸稈不可太長；菌渣要及時補充水分，以免溫度過高變成細灰；牛糞、雞糞等原料不可太濕，否則發酵升溫較慢，延長發酵時間；發酵時注意觀測堆體內溫度，溫度低于50 ℃時不可翻堆。