有機蔬菜無土栽培順應了現代農業的發展趨勢，水肥一體化技術既可節省勞動力成本，又可保障作物生長過程中水肥的合理供給。而且，無土栽培結合一定的生態防治措施，能夠有效地阻止外源病蟲害的侵染，大大降低了有機蔬菜在生長過程中病蟲害的發生，使有機蔬菜在栽培過程中絕對不噴施農藥及其他化學制品成為可能，從而實現有機蔬菜高產、優質的目的。
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有機蔬菜栽培定植前，要做好充分的準備工作。
首先，悶棚高溫消毒。在夏天高溫季節，對空棚進行密閉，使棚內溫度達60℃以上，密閉1周以上，可殺滅大多數病原細菌。
其次，栽培槽裝填基質。將經過充分腐熟的基質使用前進行翻曬，使發酵的氣體散去，即可裝填進栽培槽，基質略低于栽培槽面。
最后，鋪設滴灌帶。將滴灌帶順著栽培槽平鋪于基質上并接通有機營養液水塔水管，栽培槽基質上滴灌帶的鋪設方法由不同的栽培作物而定，一般茄果類等雙行種植的有機蔬菜只需在中間鋪一條滴灌帶，葉菜類等3行或4行種植的蔬菜可以在兩排之間各鋪一條滴灌帶。總之，滴灌帶鋪設應噴滴均勻，使每株蔬菜獲得相等的水肥。
以上工作完成后，就可以進行有機蔬菜的定植，將預先育好的壯苗，按照一定的株行距整齊地定植于栽培槽內，然后打開營養液管閥門，調節好噴滴的壓力，使水肥噴滴均勻,即可實現水肥一體化灌溉。定植后的有機蔬菜栽培管理主要有科學的肥水、光照、溫度、空氣的管理，必要的整枝理蔓和人工輔助授粉及病蟲害生態防治等。
有機蔬菜栽培初次定植滴灌帶噴滴水量以將基質充分濕透（微有少量水從排水孔流出）為宜，以后的肥量主要根據有機蔬菜的長勢及生育期通過合理調節有機營養液的濃度來控制，水量調節則根據具體情況而定。
①不同的蔬菜作物需水量不同。例如對水量需求從大到小依次是黃瓜—番茄—西瓜—甜瓜—辣椒—葉菜。
②有機蔬菜不同的生育期需水量不同。一般茄果類及瓜類在結果盛期和果實膨大期需水量最大，其次是生長后期，生長前期需水量偏小。
③不同的季節及天氣的影響下，有機蔬菜對水分的需求量不同。一般夏季需水量大，其次是秋季，再次是春季，冬季需水量偏少。另外，晴天需水量大，陰天需水少，雨天不干不澆水。
④基質保水性。基質保水性差，需水量多且灌水次數也多；保水性好，需水量少，灌水次數也少。
設施無土栽培，由于人為采用科學的消毒、隔離等生態措施，有效阻斷了病原菌和外源蟲害的侵染，使有機蔬菜在生長過程中不發生或很少發生病蟲害，需要注意的是，在栽培管理過程中，員工進入大棚要進行必要的消毒以及注意穿戴專門的工作服等，嚴防人員帶菌帶蟲入棚。
有機蔬菜在生產過程中禁止使用任何化學合成的農藥、激素等，所以有機蔬菜的病蟲害防治要堅持“預防為主，綜合防治”的原則，通過高溫消毒、合理的肥水管理、輪作、間作等各種生態防治措施，綜合防治病蟲害。
有機蔬菜栽培中選用抗病蟲品種十分重要，另外具有特殊氣味的蔬菜品種，如大蒜、洋蔥、胡蘿卜、萵筍、芹菜等病蟲害發生較少；通過輪作、間作以及合理密植等方式，控制栽培環境，減少病蟲害發生；通過培育壯苗、嫁接育苗以及合理的水肥一體灌溉技術等途徑，促使蔬菜生長健壯，提高對病蟲害的抵抗力；此外，還可通過清潔田園，及時拔除病株等措施減少病蟲害的發生。
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種子處理：在播種前對種子進行處理消滅種子帶菌及蟲卵。可采用日光曬種，選擇晴天將蔬菜種子曬2～3d（天），利用陽光殺滅附在種皮的病菌。鹽水浸種，用10%的鹽水浸軟莢豌豆（荷蘭豆）等蔬菜種子10min（分），可將種子里菌核病菌核漂除和殺滅。
溫湯浸種，根據病菌的致死溫度進行溫湯浸種，殺死種子表皮的病菌，但必須考慮到種子對溫度的耐受能力，以既能殺死病菌，又不影響種子正常發芽生長為原則。如瓜類種子的表皮較厚，將種子放入55℃的溫水中，然后攪涼至30℃泡種8h（小時），可殺滅種皮帶菌。利用害蟲固有的趨化性來捕殺害蟲。如使用性誘劑、黑光燈捕殺蛾類害蟲，利用黃板誘殺蚜蟲。
一是利用捕食性天敵昆蟲，通過捕食來減少或控制害蟲為害，如七星瓢蟲捕食蚜蟲；
二是利用寄生性天敵昆蟲，如寄生蜂類的姬蜂、金小蜂；
三是以菌治蟲，即利用害蟲的致病微生物來防治害蟲，例如蘇云金桿菌，可以防治鱗翅目多種害蟲；
四是利用有機蔬菜栽培允許使用的某些礦物質和植物藥劑進行防治。
在有機蔬菜栽培中允許有限度地使用一些天然或植物性的物質進行病蟲害的防治，如用石灰、硫磺、波爾多液等防治病害；用煙葉、大蒜、苦參堿等防治一些蟲害。
有機蔬菜栽培中對于其他如光照、溫度、空氣的控制管理以及茄果類、瓜類蔬菜的理蔓整枝等方法與一般的栽培管理相同。部分瓜果蔬菜利用蜜蜂或人工輔助授粉，可以提高產量，但絕對不可用化學合成的人工激素。